Создателем данного направления принято считать жителя провинции Сэтцу- Фукуно Ситироэмон Масакацу. Сначала мастер Фукуно посвятил время тренировкам по фехтованию мечом, а несколько позднее он освоил технику явара школы Тэйсин-рю, которой руководил наставник Тэрада Хэйдзаэмон Садаясу. В этих школах Фукуно получил высшие мастерские лицензии. Использовав полученные знания, Фукуно вместе со своим другом Ибараки Сэнсай разработал новое направление бугэй — Кито-рю. Кстати, название «Кито», что в переводе означает «Поднимания и сбрасывания», Фукуно посоветовал известный наставник дзэна Такуан Сохо.

В мае 1626 г. Фукуно сводит знакомство с мастером боевого искусства из Китая Чэнь Юаньбинем и становится его учеником. Чэнь в течение 13 месяцев изучал ушу в известнейшем монастыре Шаолинь. В 1621 г. он посетил в Японию в качестве переводчика при китайском посольстве, нашел там очень радушный прием и навсегда остался в Японии. В 1625 году Чэнь уходит на жительство в монастырь Кокусё-дзи в Эдо, где его и нашел Фукуно Ситироэмон и два его ученика — Исогай Дзиродзаэмон и Миура Ёдзиэмон.

Чэнь Юаньбин познакомил мастера Фукуно с шаолиньским ушу, а также с особенностями учений великих даосов Лао-цзы и Чжуан-цзы, признанным знатоком которых он являлся. Новые знания позволили основателю Кито-рю обогатить собственную школу и утвердиться в понимании важнейших основ боевого искусства.

Во время своего расцвета, Кито-рю была школой универсального боевого искусства, которая могла похвастаться не только техникой явара (дзю-дзюцу), но и приемы мечевого боя, владение палкой, боевым серпом и некоторыми другими. Однако несколько позднее патриарх Тэрада Канъэмон Мицухидэ убрал ряд направлений обучения и сохранил лишь ядро этой школы – технику кумиути.

Так как Кито-рю возникло в мирное время, когда использование доспехов уже было в прошлом, ее создатель и его ученики были вынуждены примириться к адаптации своих приемов к реалиям боя без доспехов, но все же сохранили ее запоминающийся колорит. Например, в отличие от большинства иных школ дзю-дзюцу, главное место в техническом арсенале Кито-рю отдано самым разнообразным броскам с падением при обхвате туловища соперника.

На основе классических приемов схватки в доспехах при использовании низкой стойки, мастера Кито-рю дали жизнь отличным парным ката, которые предназначались для развития тандэна – главного средоточия жизненной энергии ки – и осознания поединка как уровня взаимодействия энергий двух противников. Эти принципы и поныне считаются одной из мастерских вершин дзю-дзюцу.