Основателем Сэкигути-рю считают Ярокуэмон Удзимунэ, имевший прозвище Дзюсин, что в переводе означало Мягкое сердце (возможный перевод также- Сознание мягкости, Сущность мягкости). Известна не одна версия, откуда Сэкигути Дзюсин взял свои знания. В «Разъяснении искусства явара», литературном достоянии школы Ёсин-рю, говорится, что Сэкигути-рю имеет корни в Ёсин-рю. Тем не менее сходства между этими двумя направлениями настолько мало, что поверить этому утверждению трудновато. Более правдоподобным выглядит утверждение, что Сэкигути-рю могла отпочковаться от Такэноути-рю. Очень много нюансов за это: большое количество ее приемов имеют прообразы и в древнейшей школе дзю-дзюцу, используются против тех же разработанных атаках и так далее. Даже в названиях элементов техники явственно видна преемственность Сэкигути-рю по отношению к Такэноути-рю. Но стоит сказать, что арсенал Сэкигути-рю намного богаче и серьезно отличается от приемов Такэноути-рю по своему характеру — в этой школе в большинстве случаев основная цель не закончить схватку смертью врага и не изувечить его, а взять в плен живым и по возможности невредимым. Для достижения этой цели используются разнообразные броски через бедро, плечо, «мельница», броски с падением, болевые приемы на кисть, локоть, плечевой сустав. В Сэкигути-рю имеются в наличии даже действия, направленные на использование против приемов Такэноути-рю.

По некоторым сведениям, Сэкигути Дзюсин появился на свет в 1598 г. в достаточно знатной семье. Сначала он изучал искусство выхватывания меча из ножен у известного мастера Хаясидзаки Сигэнобу, стремился овладеть приемами боя мечом и копьем, а несколько позже учился кумиути у Миура Ёдзиэмон, ученика мастера Фукуно Ситироэмон и китайца Чэнь Юаньбин. Решив, что полученных от Миура знаний ему не хватает, примерно в 1630 г. Сэкигути в поисках учителя китайского кэмпо едет в Нагасаки, где проживало большое количество китайцев. Как говорится в «Рассказах о дзю-дзюцу провинции Кии», «добравшись до Нагасаки… он овладел кэмпо; там был старик, который демонстрировал технику под названием «торидэ» – «хватающие руки», Сэкигути стал его учеником и изучил также эту технику». После возврата на родину, мастер открыл школу «Сэкигути-рю». В 1639 г. он решает поступить на службу в клан Кисю Токугава. После этого решения, Сэкигути-рю прочно обосновалась в провинции Кии, откуда и начала распространяться по всей Японии.

Согласно легенде, именно Сэкигути Дзюсин разработал варианты самостраховки. Говорят, что однажды он бродил по саду возле своего дома и случайно стал свидетелем того, как кошка, дремлющая на крыше соседнего дома, внезапно сорвалась и полетела вниз. «Смерть!» — подумал Сэкигути, однако кошка, хитро перевернувшись в воздухе, ловко приземлилась на все четыре лапы и убежала. Мастер дзю-дзюцу был восхищен таким проворством. Затем он сам залез на крышу и рискнул с нее скатиться. Чтобы не расшибиться, он навалил под домом ворох соломы, а поверх нее настелил камышовые маты. Не один взбирался Сэкигути на крышу, не один раз скатывался с нее и, наконец, научился падать с любой крыши без какого-либо членовредительства.

Техника Сэкигути-рю включает в себя практически все фундаментальные виды бросков и болевых приемов. В наставлении 1632 г. присутствуют даже техники освобождения от одновременных захватов сразу трех и даже четырех противников, в то время как большинство других школ ограничиваются лишь двумя противниками. Однако в школе мастера Сэкигути не была полноценно выработана техника приемов на удушение и удары в уязвимые точки.

Умер Сэкигути Дзюсин в 1670 г. когда ему было уже 74 года. Все три его сына стали великолепными мастерами дзю-дзюцу. Учеником Удзинари, старшего сына, был известный мастер Сибукава Бангоро, ставший создателем школы Сибукава-рю. Из Сэкигути-рю вышли также такие школы дзю-дзюцу как Тэмпа-рю, Синсин-рю, Дзюсинсин-рю, Синсин син-рю, Ито-рю, Кюсин-рю, Гёкусин-рю, Намбан-рю и множество других.